益生菌是活性維生物的總稱，包含雙歧桿菌、乳桿菌、酵母菌、放線菌等。它是通過調節宿主黏膜與系統免疫功能或通過調節腸道內菌群平衡，促進營養吸收保持腸道健康的作用，從而產生有利于健康作用的單微生物或組成明確的混合微生物。益生菌可合成消化酶，它們與動物體合成的消化酶一起，參與腸道中營養物質的消化，刺激動物體分泌消化酶，降低小腸隱窩深度，增加絨毛高度，增加小腸表面積，促進腸道營養物質的吸收。
人體菌群應該保持在平衡狀態，益生菌并不是越多越好，過度攝入和補充益生菌不僅不能對人體產生積極作用，還有可能導致人體臟器負荷過重，產生嚴重的負面作用，從而嚴重擾亂腸道環境。因此，科學合理的使用益生菌，才能真正有益于人體微生態平衡，有益于人的身體健康和免疫功能的增強。
在補充益生菌的時候，需要注意的是不能與抗菌類藥物（如整腸生，氧氟沙星、多西環素、頭孢拉定、頭孢唑林、環丙沙星、慶大霉素、阿莫西林等）同時服用。因為同時服用有可能殺死或者抑制益生菌，導致抗菌藥的藥效不夠，益生菌也不能完全發揮作用。如果要吃，那么應該明確選擇對益生菌不敏感的抗菌藥，且兩種制劑要間隔2~3小時服用。
黃連素也屬于抗菌藥物，那么它能和益生菌同時服用嗎？一項在中國進行的12周臨床試驗顯示，服用黃連素和益生菌可降低糖尿病患者的血糖值。這些研究結果在《Nature Communications》刊登，顯示單次服用黃連素，或服用黃連素及益生菌，比單次服用益生菌更有效降低罹患糖尿病的糖化血紅蛋白數量。因為黃連及其有效成分可以抑制病原菌，增加益生菌的作用。通過調節腸道菌群，同時可以修復腸促胰酶素的分泌，改善降解酶系統，最終促進胰島素分泌，增加胰島素敏感性，促進外周組織對葡萄糖的吸收利用，抑制糖異生等。從而達到降血糖的作用。
日常生活中，我們在益生菌補充方面其實更應該注重適當吃些含益生菌的食物（如乳制品、奶酪），而不是過多的依賴益生菌制劑，從而能讓我們的身體真正意義上達到更加健康的狀態。